Buczyny w Szypowicach i Las Niwiski (dawniej Buczyny w Szypowicach i Las Niwiski koło Giebła) -  PLH240034 – 245,48 ha.
Ostoja położona jest na Wyżynie Krakowsko-Częstochowskiej i obejmuje pasmo wzgórz wapiennych między miejscowością Pradła na północy, a miejscowością Mokrus na południu. Składają się na nią trzy wyspy leśne: dwie o wielkości kilkuset hektarów i jedna, kilkunastohektarowa. Lasy liściaste stanowią 84% powierzchni terenu, lasy mieszane 12%, a lasy iglaste 3%, pozostałą część obszaru zajmują siedliska rolnicze.
Obszar charakteryzuje się stosunkowo niewielkimi deniwelacjami terenu, choć w ich morfologii widoczne są takie formy jak płytko wcięte dolinki. Miejscami spotkać można także wychodnie wapienia. Runo występującej na tych powierzchniach ciepłolubnej buczyny jest bogate, ze szczególnie liczną grupą gatunków z rodziny storczykowatych. Obydwie części ostoi wyróżniają się w rolniczym krajobrazie tej części Jury.
W Ostoi "Buczyny storczykowe w Szypowicach" rzadko występującym typem siedliska leśnego, które zachowało odpowiednio wysoką reprezentatywność na powierzchni 129,2 ha, a większość płatów liczy co najmniej kilkadziesiąt hektarów. Drugim typem siedliska o znaczeniu europejskim jest żyzna buczyna górska, występująca tu na peryferiach swojego występowania, którego centrum znajduje się w Karpatach i Sudetach. W Ostoi zachował się typowy przestrzenny układ obu buczyn, z których storczykowa zajmuje eksponowane partie grzbietowe oraz stoki południowe i zachodnie, zaś żyzna buczyna górska porasta stoki północne i wschodnie. Ten układ przestrzenny wart jest zachowania.
Omawiana ostoja jest również miejscem występowania bardzo licznych populacji obuwika pospolitego w dobrej kondycji, szczególnie w "Lesie Niwiskim" (kępy liczące do 20 pędów). Ze względu na tendencje do zanikania stanowisk obuwika pospolitego w całej Europie opisywane stanowiska są bardzo cenne. Ponadto położone są one w pobliżu zachodniej granicy zasięgu, dlatego ich ochrona jest szczególnie ważna dla zachowania dotychczasowego kształtu i ciągłości zasięgu w Europie.

Jaroszowiec  PLH120006 – 584,91 ha
Obszar jest położony w północno-zachodniej części Płaskowyżu Ojcowskiego - Wyżyna Śląska, na wschód od krawędzi Wyżyny Krakowsko-Wieluńskiej. Sąsiaduje bezpośrednio z wyraźnym obniżeniem Białej Przemszy, zwanym Bramą Wolbromską. Obejmuje trzy, izolowane, wzniesienia z licznymi ostańcami wapiennymi o znacznych wysokościach względnych. Nie ma tu wód powierzchniowych ale występują różnorodne formy krasowe, m. in. jaskinie. Na Januszkowej Górze znajduje się otwór jaskini o nazwie Januszkowa Szczelina, jednej z najgłębszych (56m) na Jurze o długości 180 m.
Lasy porastające obszar są dosyć zróżnicowane. Zbocza wzgórz porastają różne typy buczyn
(sudecka, storczykowa, niżowa) i jaworzyny, obniżenia grądy, a wypłaszczenia bory sosnowe.
W obszarze stwierdzono obecność 8 rodzajów siedlisk z Załącznika I oraz 2 gatunków z Załącznika II Dyrektywy Siedliskowej. Do największych wartości tego obszaru należą:

• duża powierzchnia naturalnego lasu bukowego (m.in. buczyna storczykowa i sudecka);
• duża ilość skał wapiennych o rzadko spotykanej rzeźbie i inne formy pochodzenia krasowego, w tym jaskinie;
• obiekt dydaktyczny, wskazujący poglądowo ścisłe powiązanie naturalnej roślinności z glebami, budową geologiczną i rzeźbą terenu.

Ostoja Środkowojurajska – PLH 240009

Obszar zatwierdzony przez Komisję Europejską w 2008 r. o powierzchni łącznej 5767,5 ha, w tym na terenach leśnych Nadleśnictwa Olkusz 589,49 ha.  W skład ostoi wchodzą łagodne wzniesienia zbudowane ze skał jurajskich, pokryte zbiorowiskami leśnymi i poprzecinane suchymi dolinami. Obszar ten wyróżnia się dużą różnorodnością zbiorowisk naskalnych i leśnych, spośród których na szczególną uwagę zasługują płaty żyznej buczyny sudeckiej oraz jaworzyny górskiej z języcznikiem. Na grzbietach wzniesień znajdują się liczne ostańce wapienne, w większości otoczone lasami liściastymi. Są to głównie buczyny: sudecka, storczykowa i kwaśna buczyna niżowa oraz jaworzyna górska. Na terenach wylesionych ostańcom wapiennym towarzyszą bogate florystycznie murawy kserotermiczne. W skrasowiałych skałach wapiennych częste są jaskinie z bogatą szatą naciekową, w których zimują nietoperze. Sieć rzeczna jest słabo wykształcona. W strefie kontaktowej utworów jurajskich i czwartorzędowych osadów piaszczystych wypływają nieliczne źródła. W jednym z nich usytuowane jest zastępcze stanowisko endemicznej rośliny – warzuchy polskiej.  

Pustynia Błędowska – PLH 120014

Obszar zatwierdzony przez Komisję Europejską w 2007 r., o powierzchni łącznej 1963,9 ha, z czego na terenach będących w zarządzie Nadleśnictwa Olkusz – 831,8 ha.  Celem wyznaczenia obszaru jest ochrona wydm śródlądowych oraz zbiorowisk nieleśnych typu murawy napiaskowe.  Teren ten stanowi duży obszar nagromadzenia piasków śródlądowych, w części pokrytych lasem. W granicach tego obszaru znalazły się lasy Nadleśnictwa Olkusz występujące w dolinie rzeki Przemszy płynącej przez środek tego obszaru, a także bory sosnowe w części południowej i wschodniej i wyniesienia jurajskie porośnięte lasami bukowymi w okolicy Klucz. Powstanie pustyni wiąże się z intensywnym wyrębem lasów na potrzeby hut srebra i ołowiu, już w XIII-XIV w. Następnie erozja wietrzna uruchomiła piaski na terenach zrębów zupełnych, tworząc ogromny obszar pustynny. Dopiero pyły przemysłowe opadające tu w ciągu ostatnich kilkudziesięciu lat związały lotne piaski i użyźniły glebę, co ułatwiło rozrost roślinności. Na obrzeżach pustyni spotyka się pozostałości bunkrów poniemieckich z okresu II Wojny Światowej. W okresie późniejszym teren był użytkowany jako poligon. W chwili obecnej, na gruntach Gminy Klucze ora terenach należących do wojska – trwa jego wylesiane.